终末之谷一战，三年后。一位来自“神”组织的少女，带来了神、天变和祭品等等一系列的讯息。为此，晓组织、大蛇丸和木叶众人联手，准备将这个危险的组织扼杀在……
四维空间轴的重合，使得一个全新的世界覆盖了原有的城市。由名为魂魄的意识生命体构成的，魂之都【菲碧拉】。在一次事故中重生的少年凌枫，无意中得到了可以凝……
